Program Studi Magister Teknik Sipil ISTN mempersiapkan mahasiswa menjadi profesional unggul dalam bidang keteknikan yang kreatif, inovatif, bermanfaat bagi bangsa, memiliki pribadi luhur dan berkarakter tangguh. Tujuan program studi ini menjadi trendsetter bagi program studi keteknikan yang memiliki ciri khas rekayasa infrastruktur dan pusat studi kebencanaan. Program Studi ini mempunyai 4 (empat) konsentrasi keilmuan unggulan yaitu: Rekayasa Struktur, Rekayasa Geoteknik, Manajemen Konstruksi, dan Manajemen Rekayasa Transportasi. Kurikulum inti pada peminatan struktur mencakup struktur beton dan baja lanjut, dinamika struktur lanjut, dan computational modeling. Peminatan geoteknik akan mempelajari mekanika tanah lanjut, teknik pondasi lanjut, dinamika tanah dan rekayasa gempa. Pada peminatan manajemen konstruksi akan belajar tentang manajemen sumberdaya pada konstruksi, value engineering, perencanaan dan pengendalian konstruksi. Sedangkan pada peminatan rekayasa transportasi akan mendapatkan materi kuliah tentang perencanaan transportasi, manajemen transportasi, dan infrastruktur transportasi perkotaan. Secara keseluruhan, lulusan dari program studi ini akan mampu menerapkan prinsip sains untuk mengidentifikasi, menganalisis, dan menyelesaikan masalah rekayasa teknik sipil pada bidang struktur, geoteknik, manajemen konstruksi, dan transportasi. Lapangan kerja yang luas bagi para lulusan meliputi profesi dalam bidang industri jasa konstruksi, konsultan teknik, pegawai pemerintah, peneliti pada lembaga riset, dan sebagai dosen atau akademisi pada perguruan tinggi.